Lorsque la guerre éclata, les bombardements ravagèrent la cathédrale. L’orgue subsista dans un état préoccupant, mais sans être détruit. “Durant la guerre, protégé derrière une épaisse carapace de sacs de sable, l’orgue de la cathédrale n’a pas souffert autant qu’on pourrait le croire. Les montres de 32 et de 16 pieds de façade étaient criblées d’éclats d’obus ; de la voûte, des pierres, voire des claveaux entiers, étaient tombées au milieu tuyauterie du grand orgue. Les gravois avaient envahi les parties vitales de l’instrument. Éventré, le positif offrait aux regards une tuyauterie gisant pêle-mêle dans le buffet et tout autour de la console dont le pédalier avait disparu. À l’étage du grand orgue, désolation plus grande encore. Du récit, dont les panneaux avaient cédé, s’échappait une ferblanterie pitoyable, alors que certains jeux ployaient sous le poids des moellons.” (Norbert Dufourcq – 1938).

En 1935, un premier projet de 56 jeux avec traction électro-pneumatique fut refusé, et une commission approuva en juillet 1936 la construction d’un instrument mécanique de 75 jeux.

Les travaux furent réalisés en 18 mois, et Victor Gonzalez connut les mêmes contraintes que ses prédécesseurs. Le buffet, déjà trop étroit pour les 53 jeux de John Abbey, était trop serré pour les 87 jeux de Gonzalez. Rappelons que ce buffet, établi en 1647, était prévu pour 48 jeux seulement.

Outre le positif de dos, les trois plans sonores sont disposés verticalement avec l’Echo placé juste au-dessus du Grand-Orgue, et le Récit expressif au dernier étage, surmonté des tuyaux de chamade. La pédale est répartie dans le soubassement et à l’intérieur des tourelles latérales, sur deux niveaux.

Les sommiers de 1849 furent réemployés par Gonzalez, qui les transforma considérablement.

Le démontage de l’orgue débuta en février 1937. La structure porteuse de l’orgue fut refaite à neuf, et le buffet, fragilisé, fut consolidé. L’arrière du positif fut également réaménagé afin de dégager plus de place à la console.

Le facteur arriva à Reims le 2 avril 1938 mais trouva les menuisiers chargés de la restauration du buffet encore à l’ouvrage. De plus, en raison des proches festivités d’inauguration de la cathédrale, de vastes tribunes de bois étaient en construction, occasionnant un bruit relativement important à l’intérieur de l’édifice. C’est donc jour et nuit que les facteurs d’orgue et harmonistes se relayèrent sans discontinuité pour que l’instrument soit prêt à la date fixée.

L’orgue fut finalement inauguré le 9 juillet 1938 par Joseph Bonnet.

Quelques mois après, seulement, la seconde guerre mondiale éclata. L’orgue fut protégé grâce à un échafaudage prévu initialement pour la dépose de la rosace Nord. L’ensemble fut surplombé d’un plancher, puis recouvert de panneaux de paille compressée, le tout coulé dans le béton

Dès les années 70, Arsène MUZERELLE, organiste titulaire, n’a eu de cesse d’alerter l’État sur de nombreux dysfonctionnements, pannes et incidents.
L’orgue s’est fatigué de plus en plus, jusqu’à devenir totalement muet et injouable en 2017.